Hijo de María Mateos Medina y de Joaquín Zarco, coronel del ejército de Morelos. Tuvo dos hermanos, Ana y Joaquín Gregorio.
Célebre periodista y político de mediados del siglo pasado, un incansable opositor al conservadurismo, fue perseguido por quienes fueron objeto de sus críticas.
Hombre de pensamiento y acción, fiel partidario del liberalismo, así como su afán por escribir que lo convirtieron en apóstol de la libertad de prensa y víctima de la persecución, cárcel y destierro.
Entre su labor informativa tuvo una distinguida participación en los diarios El Álbum Mexicano, El Demócrata, La Ilustración Mexicana y El Siglo XIX, entre otros.
Como diputado, su presencia fue ejemplar y decisiva en el Congreso Extraordinario Constituyente de 1856-1857, donde defendió con pasión y energía las reformas relativas a las garantías individuales, libertad de imprenta y culto.
Benito Juárez lo nombró secretario de Gobernación.
En 1861, se decreta la Ley de Imprenta, suscrita por Zarco, que da libertad de escribir y publicar escritos sobre cualquier tema.
Casado con Luisa Elorriaga.
Francisco Zarco falleció el 22 de diciembre de 1869 a causa de tuberculosis.
